Berdasarkan Peraturan Bupati Nomor 46 Tahun 2022 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Badan Keuangan dan Aset Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur. Sekretariat dipimpin Sekretaris mempunyai tugas pokok mengkoordinasikan, perencanaan, pembinaan, perlengkapan, umum, keuangan, kepegawaian, ketatausahaan, protokol, humas dan rumah tangga, organisasi, penyelenggaraan tugas-tugas bidang secara terpadu dan tugas pelayanan administratif pada Badan.

Sekretaris menyelenggarakan fungsi :

• Penyusunan kegiatan, perencanaan dan program kerja Badan;
• Pengkoordinasian dan pelaporan Badan;
• Pelayanan administrasi kepada Kepala Badan dan seluruh satuan kerja di lingkungan Badan;
• Pengelolaan Tata Usaha Kepegawaian;
• Pengelolaan surat menyurat;
• Penyediaan dan pengelolaan perlengkapan, urusan rumah tangga, humas, organisasi dan tata laksana serta protokoler;
• Pelaksanaan/pengelolaan tata usaha keuangan;
• Pengelolaan dokumen dan perpustakaan;
• Pelaksanaan pengelolaan kearsipan;
• Pembinaan administrasi dan aparatur;
• Pembinaan, monitoring dan evaluasi serta pelaporan pelaksanaan tugas;
• Pelaksanaan tugas-tugas lain yang diberikan oleh Kepala Badan;
• Peningkatan SDM di lingkungan Badan;
• Pengamanan terhadap Barang Milik Daerah di lingkungan Badan; dan
• Pembuatan Neraca di lingkungan Badan.

Sekretariat membawahi :

1. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian mempunyai tugas pokok menyusun rencana kegiatan, pengkoordinasian, pembinaan, pengendalian dan pemberian bimbingan teknis di bidang pengelolaan administrasi umum, urusan kerumah tanggaan, humas dan keprotokolan, perlengkapan/perbekalan, dokumentasi, perpustakaan dan kearsipan serta pengelolaan administrasi kepegawaian pada Badan Keuangan dan Aset Daerah.
   
2. Sub Bagian Keuangan mempunyai tugas pokok pengelolaan administrasi keuangan, pembinaan bendaharawan dan pelaporan pelaksanaan anggaran.